Para el desarrollo del Plan de Manejo de la Reserva Natural Canal de Luis Pena (2008) se creó un sistema de subdivisión de la Reserva que consiste en 15 áreas geográficas naturales, utilizando los siguientes criterios:
- extensión superficial
- batimetría
- descripción cualitativa de habitáculos bénticos que la componen
- su localización
Se identificaron un total de 15 tipos de habitáculos bénticos y 3 comunidades litorales, confirmando la importancia biológica de la Reserva y su representatividad de las comunidades marinas para esta región del Caribe.
PFO= Punta Flamenco-Este; PCR= Playa Carlos Rosario; PTG= Punta Tamarindo Grande; también conocido antiguamente como Punta Tamarindo Recostao; BTN= Bahía Tamarindo-Norte; PRA= Punta Rompeanzuelos (también conocido como Punta Tamarindo; BTS= Bahía Tamarindo-Sur; CEB= Cayo El Banderote (nombre antiguo); PTC= Punta Tamarindo Chico; BMA= Bajo de Magoyo (nombre antiguo); BTA= Bahía Tarja PME= Punta Melones; PDV= Punta de Vapor (nombre antiguo); PRO= Punta Rociada, PPR= Punta Prieta (nombre antiguo); LPE= Cayo Luis Peña-Este; LPS=Cayo Luis Peña-Sureste; PDE= Punta del Este (nombre antiguo); ECH= El Cayito Hondo (nombre antiguo); ASN= Arrecife Sin Nombre; CLP-S= Canal Luis Peña-Sur; CLP-C= Canal Luis Peña-Central; y CLP-N= Canal Luis Peña-Norte.
Esta es el área (14.62ha) geográfica localizada más al norte de la Reserva y representa un 3% del área total de la misma. Su batimetría varía hasta 15m (50 pies) de profundidad y esta dominada por pavimentos colonizados y arrecifes lineares con porciento alto de cobertura de coral vivo. El biotopo más significativo es el desarrollo de una terraza extensa en la zona del antearrecife (3-8m) dominada por el complejo de Orbicella- coral estrella , morfotipo laminar y morfotipo masivo.
Esta zona de 11.37 ha está localizada al norte de Punta Tamarindo Grande y contiene profundidades de 45 pies (13m). El habitáculo predominante en Carlos Rosario es el arrecife linear y contiene 85% de la riqueza total de especies documentadas en la Reserva, sosteniendo la mayor diversidad de corales. (Hernández-Delgado, E. 2003)
Esta es la península que divide la Playa Carlos Rosario de la Bahia Tamarindo Grande y la misma cubre un área estimada de 5.52ha (1.16% de la Reserva). Esta zona llega a una profundidad de 40 pies (12m). El habitáculo predominante en PTG es el fondo rocoso colonizado (2.28ha). En PTG se han identificado un 64% de la riqueza total de especies de la Reserva. Esta es una de las zonas de la Reserva con mayor relieve topográfico y sostiene altas densidades de peces.
Se extiende entre Punta Tamarindo Chico y Punta Rompeanzuelos, con un área estimada de 32.55 (7% de la reserva y profundidades que llegan a 50 pies (15m). El habitáculo predominante son las hierbas marinas continuas, fondos rocosos colonizados, y una estrecha franja de arrecife lineares. Se han identificado 46 especies de corales, representando un 56% de la riqueza total de especies. Las hierbas marinas sirven como criadero de Carrucho y sostiene una población estable de Peje blanco.
Zona llana entre Tamarindo Grande y Bahía Tamarindo, dominada por una comunidad arrecifal linear y rocoso, la cual posee una cobertura de coral limitada (<20%) pero sostiene una abundancia alta de reclutas de peces y de colonias juveniles de corales de diversas especies, principalmente corales de cerebro y varias especies de corales pequeños como coral mostaza. De frente a la Punta Rompeanzuelo se extiende una comunidad de hierbas marinas continuas que desciende hasta el fondo del canal.
Esta es la zona más extensa de la Bahía Tamarindo, y su área superficial se ha estimado en 42 ha (9% de la reserva), con profundidades hasta 40 pies (12m) . El habitáculo predominante es la hierba marina continua seguida por fondos rocosos colonizados. En estos fondos se han identificado 42 especies de corales, un 50% de la riqueza total de especies de la Reserva.
Esta zona sostiene una comunidad de hierbas marinas que funciona como criadero de Carrucho y sostiene una población residente estable de Peje blanco. El arrecife llano bordeante funciona como habitáculo de crianza de muchas especies de peces en sus estadíos juveniles, particularmente, especies de gran valor económico como el Pargo sama, pargo perro, pargo ojón, colirrubia, arrayaos, mero mantequilla y mero caabrilla. A su vez, sostiene un reclutamiento significativo de corales.
Esta zona posee profundidades que fluctuan desde la orilla hasta unos 9m (30pies) de profundidad. El habitáculo predominante son fondos rocosos colonizados y hierbas marinas contínuas, donde se han identificado 58 especies de corales, representando un 70% de la riqueza total de especies de la reserva. Esta zona también posee una alta abundancia de peces adultos de importancia comercial como los pargos, arrayaos y Capitán.
Esta área pequeña es una extensión de la zona más profunda de Punta Tamarindo Chico. Los pavimentos colonizados es el habitáculo dominante, seguido por hierbas marinas continuas.